Identificación de genes blanco involucrados en la respuesta inmune regulados por el factor de transcripción AKNA en la línea celular Jurkat / Abrahan Ramírez González

Tesis (Doctorado en Ciencias con área de concentración en Enfermedades Infecciosas) - Escuela de Salud Pública de México. INSP, 2023

RESUMEN
El gen akna codifica para un factor de transcripción que regula la expresión de moléculas de superficie de los linfocitos T, involucradas en la segunda señal para la activación de los linfocitos T. El sitio de unión de akna al ADN presenta un motivo AT-hook, que se considera clave para la regulación positiva de la expresión de moléculas coactivadoras de los linfocitos T, ya que induce la expresión de moléculas de la familia de los receptores de TNF como CD40 y CD40L. AKNA ha sido asociado con patologías como cáncer cervicouterino (CaCU), cáncer gástrico, osteoartritis de rodilla y el síndrome de Vogt Koyanagi Harada (VKH), una característica entre estas enfermedades es la implicación de procesos inflamatorios, donde se ha relacionado fuertemente a AKNA. Dada la importancia funcional de AKNA en los procesos necesarios para la aparición de enfermedades, en el presente proyecto de investigación se realizó un análisis transcriptómico mediante secuenciación masiva (RNA-seq) en la línea celular Jurkat post-silenciamiento de la isoforma F1 del gen akna, utilizando el siRNA-7 dirigido contra esta isoforma, para identificar potenciales genes blanco regulados por el factor de transcripción akna. Se identificaron varios genes regulados positivamente por AKNA, como STAT5, SEMA4A, VGF, ITGAE y NTSR1, implicados en importantes procesos celulares, como la transducción de señales, la activación de citocinas, la diferenciación celular y la respuesta inmunitaria, entre otras funciones. Además, se descubrió que los genes regulados negativamente por AKNA, como Fry, TRIP6, FGF9 y SOCS2, participan en la organización del citoesqueleto, la invasividad, la proliferación celular, la diferenciación y la migración. Posteriormente, se realizó una búsqueda de datos de inmunoprecipitacióbn de cromatina y secuenciación masiva en repositorios públicos como Gene Expression Omnibus (GEO) del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) y la enciclopedia de ADN (ENCODE) del Instituto Nacional de Investigaciones del Genoma Humano (NHGRI), se seleccionó el ensayo ChIP-seq realizado en la línea celular de carcinoma hepatocelular HepG2 de la base de datos ENCODE y datos de la plataforma 1-ST Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array obtenida de GEO para realizar la validación de los resultados obtenidos en este proyecto de investigación.